Oberstes Organ ist der Stiftungsrat, der sich wie folgt zusammensetzt:

· 4 Delegierte des Gallusvereins Wangen
· 4 Delegierte der Einwohnergemeinde Wangen
· 2 Delegierte der Kath. Kirchgemeinde Wangen
· 1 Delegierten der Bürgergemeinde Wangen
· 1 Delegierten der Ref. Kirchgemeinde Wangen

Dem Stiftungsrat untergeordnet ist die Heimkommission, welcher die Heimleitung unterstellt ist. Die Heimkommission besteht aus 7 Mitgliedern mit Stimmrecht sowie der Heimleitung ohne Stimmrecht.
Die Heimkommission ist politisch und konfessionell neutral.

Das Marienheim wird durch eine Heimleitung geführt.